Nichiji era filho do samurai Matsuno Rokurō Zaemon. Se tornou noviço no Templo Jissoji, um templo Tendai do ramo Jimon, o mesmo onde Nikkô conheceu Nichiren. Lá conheceu Nikkô e se tornou seu primeiro discípulo e amigo. Estudou também no monte Hiei, onde se aprofundou no estudo e na prática do Mikkyô (budismo esotérico).
Em 1270, Nikkô então levou Nichiji, na época com 20 anos, para conhecer Nichiren em Kamakura, que o aceitou como discípulo direto. Após alguns anos de formação teve seus próprios discípulos, como Daifu-bō Nikkyō (日教) da família Matsuno e Jibu-bō Shōken Nichi’i (治部房承賢日位1257-1318) do Shijuku’in. Foi também professor de Matsuno Jirō Saburō (松野二郎三郎). Graças a dedicação dos discípulos e seguidores de Nikkō e Nichiji, o Shijuku’in se tornou um importante centro de propagação do Sutra do Lótus.
Nichiji serviu Nichiren diligentemente por muitos anos, permanecendo sempre junto dele e enfrentando as mesmas adversidades que o seu mestre, não somente durante os últimos anos em Minobu, mas também em outras épocas difíceis, como durante a perseguição de Tatsunokuchi. Por ter permanecido sempre ao lado de Nichiren, pôde aprender à fundo a doutrina do mestre. Em 1280, fundou um salão de prática chamado Hōkke-dō (法華堂), em Mimatsu (atualmente prefeitura de Shizuoka), seu povoado. Este chegaria a ser mais tarde, o templo Ren’ei-ji (莲永寺).
Depois da morte de Nichiren, decidiu ir a além-mar para cumprir o sonho de seu mestre, de restaurar o correto ensino do Buda na China e na Índia. Em 13 de outubro de 1294, assistiu à cerimônia em homenagem à Nichiren no Kuonji pela última vez.
Nichiji foi verdadeiramente um indivíduo único na história do budismo japonês porque, ao contrário do grande número de monges que o tinham precedido, não viajou para a China, cultivando o objetivo de visitar os grandes centros budistas chineses apenas para ser capaz de estudar e voltar para o Japão com rolos de sutra, objetos de arte, o domínio das tradições e doutrinas e assim por diante, ele distinguiu-se pelo forte compromisso que sentiu em seu coração em promover a realização do desejo de seu Mestre.
Ele partiu em uma viagem missionária em 01 de janeiro de 1295. Seu plano era caminhar até Hakodate, Hokkaido e de lá prosseguir para Xanadu, a fim de converter os mongóis. Embora os mongóis apareçam com freqüência nos escritos de Nichiren como uma força temível que o Japão deveria enfrentar, pouco se sabia sobre eles e a cidade de Xanadu era tão misteriosa no Japão como nos parece hoje. Durante muitos séculos, era desconhecido o que aconteceu com Nichiji depois que ele deixou o Japão.
Durante a viagem, Nichiji por regiões remotas e pouco habitadas, certamente encontrou muitas dificuldades e superou muitos perigos. Uma viagem na qual questões históricas, sociais e ambientais, constitui certamente para a integridade física e à própria vida um risco que é dificilmente concebível para os nossos tempos. Mesmo nas lendas não estava claro se ele chegou à China vivo.
Em 1936, porém, um turista japonês descobriu seu Gohonzon e relíquias em uma região remota da China, e em 1989 essas relíquias foram carbono datadas e classificadas por pesquisadores da Universidade de Tóquio como muito provavelmente autêntica. Graças às suas inscrições nas relíquias, sabe-se agora que ele desembarcou na China, em 1298, conheceu alguns budistas de Xia Ocidental na estrada e decidiu seguir seus conselhos para se instalar no Distrito Xuanhua em vez de Xanadu. Em Xuanhua, fundou o templo Lihua (立化寺塔; japonês: Rikkai-ji), e alguns residentes chineses se converteram ao Budismo Nichiren sob sua tutela, incluindo um idose chamado Nishote quem ele menciona como seu principal discípulo. Morreu algum tempo depois de 1304.
As lendas dizem que existia uma “aldeia do Sutra do Lótus” e muitos “templos do Sutra de Lótus” na China e na Coréia. Estes se presume terem sido fundados por Nichiji. Um livro de história ainda diz que uma bandeira do Odaimoku foi encontrada no exército chinês na época da invasão japonesa da Coreia. Também é relatado que 16 tripulantes náufragos japoneses foram guiados para o Templo Nichiren-zan Hokekyoji, um dos templos do Sutra do Lótus. Lá eles teriam encontrado um túmulo de Nichiji no qual estava inscrito a data, 18 de maio, indicando o dia da sua morte, mas o ano não foi mencionado.